Многие люди не вполне понимают, в чем состоит различие между гендерной идентичностью (в особенности с отклонениями гендерной идентичности) и сексуальной ориентацией. Говоря простым языком, гендерная идентичность — это то, кто мы есть, — наше собственное субъективное ощущение себя мужчиной, женщиной или лицом, сочетающим в себе признаки обоих полов. Сексуальная же ориентация связана с тем, к какому полу мы испытываем эмоциональное и сексуальное влечение (см. «Сексуальные ориентации»).
Большинство транссексуалов до перемены пола испытывают влечение к людям, подобным им по своим анатомическим признакам, но не по своей гендерной идентичности. Так, транссексуал, обладающий женской гендерной идентичностью и чувствующий себя «загнанным» в мужское тело (а также часто идентифицируемый как мужчина другими членами общества), скорее всего, будет испытывать влечение к мужчинам. Иными словами, такая «женщина» имеет гетеросексуальную ориентацию, базирующуюся на ее идентификации себя как женщины. Но если она реализует свои сексуальные желания до прохождения процедур по перемене пола, она может быть ошибочно причислена к гомосексуалистам. Говоря о постхирургической сексуальной ориентации, можно сделать вывод, что почти все транссексуалы, сменившие женский пол на мужской, желают иметь в качестве сексуальных партнеров женщин. Транссексуалы же, сменившие мужской иол на женский, могут иметь сексуальную ориентацию, направленную на любой из полов. Однако в большинстве случаев в качестве сексуальных партнеров они предпочитают мужчин.
Хотя транссексуалы преимущественно гетеросексуальны, трансгендерное сообщество отличается более эклектическим составом. Оно включает и гомосексуалистов, и лесбиянок, и бисексуалов, и гетеросексуалов.

      В четвертом издании «Диагностического и статистического руководства по определению психических расстройств» (Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders, DSM-IV) содержится наиболее широко используемая система классификации психических расстройств. В соответствии с данной классификационной схемой индивид, имеющий расстройство гендерной идентичности, должен соответствовать четырем строго определенным критериям: 1) обладать сильной и постоянной кросс-гендерной идентификацией; 2) испытывать постоянный дискомфорт, связанный со своей половой принадлежностью, или ощущение неадекватности при выполнении ролей своего пола; 3) иметь нарушения, не согласующиеся с его физической интерсексуальностью; 4) иметь нарушения, являющиеся источником клинически значимой неудовлетворенности или проблем в социальной, профессиональной или других важных сферах функционирования.
Расстройство гендерной идентичности. Расстройство, характеризующееся наличием кросс-гендерной идентификации, вызывающей постоянный дискомфорт, связанный со своей половой принадлежностью, а также проблемы в повседневном функционировании.
До опубликования этих рекомендаций практически все транссексуалы, а также многие трансгендерные индивиды рассматривались как страдающие «патологическими» расстройствами гендерной идентичности. Однако изменения в общественном сознании, способствующие более глубокому пониманию динамики отклонений гендерной идентичности и гендерных ролей, породили тенденцию, побуждающую многих профессионалов и членов общества бросить вызов традиционной поляризации гендерной принадлежности на женскую и мужскую. Надо отметить тот факт, что большинство транссексуалов, а возможно и определенная часть трансгендерных индивидов действительно удовлетворяют критериям расстройств гендерной идентичности. Однако несмотря на это в настоящее время считается все более приемлемым для таких индивидов не подвергаться в течение жизни операциям по перемене пола и не испытывать при этом постоянного давления, побуждающего к поиску «лечения». Тем не менее перемена пола все же остается актуальной возможностью для многих транссексуалов.